四室在研究生培养工作中，注重通过项目申请特别是国家自然基金申请，培养研究生独立工作能力，取得明显成效。2011-2016年共申请国家自然科学基金60余项，获批13项，另外获批光电所研究生创新基金2项，四川省科技厅苗子工程项目1项。

首先，分类别制定培养标准。对硕士生，着眼已有问题去寻找解决途径，注重培养工程经验；对博士，既要发现问题又要解决问题，注重培养独立科研能力。

其次，以项目申请为平台落实培养目标。导师团队带领学生积极参加自然基金、所研究生创新基金、四川省科技厅苗子工程等项目申请，引导学生深入分析和挖掘拟申请项目的背景意义、主要内容及创新点，鼓励学生独自提出其中的科学问题、技术问题，经常召开项目申请会讨论研究方案和技术路线，指导学生按照相应要求撰写项目申请书和答辩报告。

再次，实施激励。对参加项目申请的学生，增加科研助理津贴。对申请成功获准的学生，大幅度提高津贴。